Типирование штаммов возбудителя сапа на основе анализа тандемных повторов и дифференцирующих регионов генома Бондарева Ольга Сергеевна

Короткий опис

Бондарева,ОльгаСергеевна.Типированиештаммоввозбудителясапанаосновеанализатандемныхповторовидифференцирующихрегионовгенома: диссертация ... кандидата медицинских наук : 03.02.03 /БондареваОльгаСергеевна; [Место защиты: ФКУЗ «Российский научно-исследовательский противочумный институт «Микроб» Федеральной службы по надзору в сфере защиты прав потребителейиблагополучия человека]. - Саратов, 2019. - 142 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
рукописиБОНДАРЕВАОЛЬГАСЕРГЕЕВНАТИПИРОВАНИЕШТАММОВВОЗБУДИТЕЛЯСАПАНАОСНОВЕАНАЛИЗАТАНДЕМНЫХПОВТОРОВИДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИХРЕГИОНОВГЕНОМА03.02.03 микробиология

стр. 3
ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МУЛЬТИЛОКУСНОГО VNTRАНАЛИЗА ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯШТАММОВB. MALLEI .. 4.1 Выбор VNTR-локусов, перспективных длятипированияштаммоввозбудителясапа 4.2 Оптимизация способатипированияштаммоввозбудителясапанаосновемультилокусногоанализачисла вариабельныхтандемныхповторов... 4.3Анализгенетического полиморфизма...

стр. 66
«Амплиген Burkholderia mallei DFR-тип-РВ». 3.3Анализрезультатов DFR-типированияколлекционныхштаммоввозбудителясапаЭффективность разработанного способатипированиявозбудителясапанаосновеамплификациидифференцирующихрегионовгеномапроверена на 14штаммахиз коллекции ФКУЗ Волгоградский научно-исследовательский противочумный институт Роспотребнадзора.Типированиештаммов...

Оглавление диссертациикандидат наук Бондарева Ольга Сергеевна
ВВЕДЕНИЕ
Глава 1 ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1 Общая характеристика генома B. mallei
1.2 Типирование возбудителей особо опасных инфекций методами, основанными на амплификации вариабельных локусов генома
1.3 Внутривидовое типирование возбудителя сапа
СОБСТВЕННЫЕ ИССЛЕДОВАНИЯ
Глава 2 МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1 Штаммы микроорганизмов, питательные среды, условия культивирования
2.2 Подготовка проб для ПЦР
2.3 Обеззараживание проб
2.4 Выделение ДНК
2.5 Проведение полимеразной цепной реакции
2.5.1 Реакция амплификации дифференцирующих фрагментов ДНК возбудителя сапа
2.5.2 Реакция амплификации локусов с вариабельными тандемными повторами
2.6 Методы детекции результатов амплификации
2.6.1 Электрофоретический анализ продуктов амплификации
2.6.2 Секвенирование продуктов амплификации
2.6.3 Проведение фрагментного анализа
2.7 Заражение лабораторных животных
2.8 Компьютерные программы и анализ данных
Глава 3 РАЗРАБОТКА СПОСОБА ТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ
ВОЗБУДИТЕЛЯ САПА НА ОСНОВЕ АМПЛИФИКАЦИИ
ДИФФЕРЕНЦИРУЮЩИХ РЕГИОНОВ ГЕНОМА (DFR)
3.1 Выбор вариабельных локусов перспективных для DFR-типирования штаммов B. mallei
3.2 Оптимизация параметров проведения реакции амплификации DFR-локусов и конструирование экспериментальных наборов реагентов
3.3 Анализ результатов DFR-типирования коллекционных штаммов
возбудителя сапа
Глава 4 ИСПОЛЬЗОВАНИЕ МУЛЬТИЛОКУСНОГО VNTR-АНАЛИЗА ДЛЯ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ B. MALLEI
4.1 Выбор VNTR-локусов, перспективных для типирования штаммов возбудителя сапа
4.2 Оптимизация способа типирования штаммов возбудителя сапа на основе мультилокусного анализа числа вариабельных тандемных повторов
4.3 Анализ генетического полиморфизма коллекционных штаммов возбудителя сапа с помощью MLVA-типирования
4.4 Изучение стабильности VNTR-локусов
4.5 Сравнительный анализ результатов типирования штаммов возбудителя
сапа при использовании различного набора VNTR-локусов
Глава 5. ОЦЕНКА ЭФФЕКТИВНОСТИ РАЗРАБОТАННЫХ СПОСОБОВ ГЕНОТИПИРОВАНИЯ ШТАММОВ ВОЗБУДИТЕЛЯ
САПА
ЗАКЛЮЧЕНИЕ
ВЫВОДЫ
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И УСЛОВНЫХ ОБОЗНАЧЕНИЙ
БЛАГОДАРНОСТИ
СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
ВВЕДЕНИЕ