Изучение нуклеотидных последовательностей и серологических свойств V 3 петли ВИЧ-I на материале из Санкт-Петербурга и Украины Набатов, Алексей Анатольевич

Краткое описание

Набатов,АлексейАнатольевич.ИзучениенуклеотидныхпоследовательностейисерологическихсвойствV3петлиВИЧ-IнаматериалеизСанкт-ПетербургаиУкраины: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.04. -Санкт-Петербург, 1999. - 138 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
САНКТ-ПЕТЕРБУРГСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ На правах рукописиНАБАТОВАлексейАнатольевичИЗУЧЕНИЕНУКЛЕОТИДНЫХПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТЕЙИСЕРОЛОГИЧЕСКИХСВОЙСТВУЗПЕТЛИВИЧ-1 НАМАТЕРИАЛЕЮСАНКТ-ПЕТЕРБУРГАИУКРАИНЫ03.00.04-Биохимия Диссертация на соискание ученой степени кандидата биологических

стр. 3
вариантовВИЧ-1 из г.Санкт-Петербурги УIqpaины Г. 65 4.1.2. Результаты клонирования еиу-специфичных фрагментов 68 4.1.3. Определениенуклеотидныхпоследовательностейеиу-специфичных фрагментовВИЧ-1 71 4.1.3.1. Определениенуклеотидныхпоследовательностейучастков гена ет> вариантовВИЧ-1 методом секвенирования клонированных фрагментов 71 4.1.3.2. ОпределениенуклеотидныхпоследовательностейВИЧ-специфичных...

стр. 3
щтслеотвдныхпоследовательностей75 4.2.ИЗУЧЕНИЕАНТИГЕННОГО РАЗНООБРАЗИЯВИЧ-1 78 4.2.1.Изучениегомологии реконструированных аминокислотныхпоследовательностейВИЧи синтетических пептидов, взятых для анализа 4.2.2.Изучениеспектров иммунореакгивности сывороток, взятых на различных сроках ВИЧинфекции : 4.2.3.

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Набатов, Алексей Анатольевич
ОГЛАВЛЕНИЕ.
СПИСОК СОКРАЩЕНИЙ И ОБОЗНАЧЕНИЙ.
1. ВВЕДЕНИЕ.
2. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.И
2.1. Развитие эпидемии ВИЧ/СПИД в мире.
2.2. ГеномВИЧ-1, свойстваи функции вирус-специфичных белков.
2.3. Вариабельность ВИЧ-1.г.
2.4. Структурам функции поверхностного гликопротеина.
ОР120 ВИЧ-1.
2.5. Гуморальный ответ на ВИЧ.
2.6. Субтипы ВИЧ-1 и методы определения субтипов ВИЧ-1.
2.6.1. ПЦР-секвенирование.
2.6.2. Серотшшрование.
2.6.3. Гетеродуплексный анализ.
2.7. Молекулярная эпидемиология ВИЧ-инфекции.
2.7.1. Молекулярная эпидемиология ВИЧ-инфекции в мире.
2.7.2. Молекулярная эпидемиология ВИЧ-инфекции в странах бывшего СССР.
3.МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
3.1. Пациенты.
3.2.Метод пептидного ИФА.
3.2.1. Синтетические пептиды.
3.2.2.Твердофазный иммуноферменшый анализ.^
3.3. Получение материала из периферической крови ВИЧ-инфщщроаддных пациентов.
3.3.1 Получение сывороток.
3.3.2 Получение плазм иМКПК.
3.4. Методы очистки ДНК.
3.4.1. Выделение ДНК из МКПК ВИЧ-инфицированных пациентов.
3.4.2. Выделение плазмидной ДНК.
3.4.3. Выделение фрагментов ДНК из легкоплавкой агарозы.
3.4.4. Очистка ДНК между ферментативными реакциями.
3.5. Амплификация ВИЧ-специфичных фрагментов.
3.6. Анализ нуклеиновых кислот.
3.6.1. Электрофорез препаратов ДНК.
3.6.2. Препаративный электрофорез препаратов ДНК в легкоплавкой агарозе.
3.6.3. Электрофорез препаратов ДНК в ПААГ в неденатурируюхцих условиях.
3.6.4. Электрофорез препаратов ДНК в ПААГ в денатурирующих условиях.
3.6.5. Перенос и иммобилизация препаратов ДНК на фильтрах.
3.6.6. Методы молекулярной гибридизации.
3.6.6.1. Мечете ДНК радиоактивными изотопами.
3. б. 6.2. Гибридизация нуклеиновых кислот на фильтрах.
3.7. Клонирование амплифицированных ВИЧ-специфичных фрагментов.
3.7.1. Подготовка плазмидного вектора для клонирования.
3.7.2. Подготовка амплифицированного фрагмента для клонирования.
3.7.2.1. Выделение и очистка фрагментов амплифицированной ДНК из легкоплавкой агарозы.
3.7.2.2. Модификация концов амплифицированных фрагментов.
3.7.2.3. Фосфорилирование концов амплифицированных фрагментов.
3.7.3. Лигирование.
3.7.4. Подготовка компетентных клеток Е.соН для трансформацииТ.
3.7.5. Трансформация клеток Е.соН рекомбинантными плазмидами.
3.7.6. Огбор рекомбинантных клонов.
3.7.7. Анализ клонированных фрагментов.
3.7.7.1. Рестрищионный анализ рекомбинантных плазмид.
3.7.7.2. Анализ рекомбинантных плазмид методом ПЦР.
3.8. Секвенирование фрагментов ДНК.
3.8.1 Секвенирование клонированных фрагментов ДНК.
3.8.2. Прямое секвенирование ампшфицированных фрагментов ДНК.
3.9. Математические методы анализа данных.
3.9.1. Методы анализа многомерных данных при серотшшровании.
3.9.2. Методы анализа нуклеотидных последовательностей.
3.9.2.1 Поиск межсубтипных рекомбинаций в последовательностях ВИЧ-1.
3.9.2.2 Филогенетический анализ нуклеотидных последовательностей.
3.9.3. Филогенетический анализ аминокислотных последовательностей.
4. РЕЗУЛЬТАТЫ.
4.1. Нуклеотидные последовательности УЗ петли ВИЧ-1 на материале Санкт-Петербурга и Украины.
4.1.1. Амплификация -специфичных фрагментов вариантов ВИЧ-1 из г. Санкт-Петербург и Украины.
4.1.2. Результаты клошфования еиу-специфичных фрагментов.
4.1.3. Определение нуклеотидных последовательностей еиу-специфичных фрагментов ВИЧ-1.
4.1.3.1. Определение нуклеотидных последовательностей участков гена ет> вариантов ВИЧ-1 методом секвенирования клонированных фрагментов.
4.1.3.2. Определение нуклеотидных последовательностей ВИЧ-специфичных участков гена ет> методом прямого секвенирования.
4.1.4. Результаты поиска максимально гомологичных последовательностей в Банке генов.
4.1.5. Результаты филогенетического анализа нуклеотвдных последовательностей.
4.2. Изучение антигенного разнообразия ВИЧ-1.
4.2.1. Изучение гомологии реконструированных аминокислотных последовательностей ВИЧ и синтетических пептидов, взятых для анализа.
4.2.2. Изучение спектров иммунореакгивности сывороток, взятых на различных сроках ВИЧ-инфекции.:.
4.2.3. Изучение спектров иммунореакгивности сывороток в популяции украинских ВИЧ-инфицированных
5.0БСУЖДЕНИЕ РЕЗУЛЬТАТОВ.
ВЫВОДЫ.