Микробные сообщества каротиногенной микроводоросли Haematococcus lacustris (Girod-Chantrans) Rostafinski (Chlorophyta) в природе и при культивировании Кублановская Анна Андреевна

Краткое описание

Кублановская,АннаАндреевна.МикробныесообществакаротиногенноймикроводорослиHaematococcuslacustris(Girod-Chantrans)Rostafinski(Chlorophyta)вприродеиприкультивировании: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.02.01 /КублановскаяАннаАндреевна; [Место защиты: Московский государственный университет имени М.В. Ломоносова]. - Москва, 2019. - 130 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
МОСКОВСКИЙ ГОСУДАРСТВЕННЫЙ УНИВЕРСИТЕТ имени М.В. ЛОМОНОСОВА На правах рукописиКублановскаяАннаАндреевнаМикробныесообществакаротиногенноймикроводорослиHaematococcuslacustris(Girod-Chantrans)Rostafinski(Chlorophyta) вприродеиприкультивировании03.02.01 ботаника Диссертация на соискание

стр. 6
культивированияданного микроорганизма. 6 Цель работы: изучить микробиом природныхсообществмикроводорослиHaematococcuslacustris(Girod-Chantrans)Rostafinski(Chlorophyta) супралиторальных ванн побережья Кандалакшского залива Белого моря и сравнить его смикробнымсообществоммикроводорослиприкультивировании. Задачи работы: 1) Из собранных микробиологическимимикроводорослиобразцов...

стр. 35
[Ramanan et al., 2016]. Весь спектр областей применения альгобактериальныхсообществпредставлен на рисунке 3. 1.4. ОсобенностимикроводорослиHaematococcuslacustris(Girod-Chantrans)Rostafinski1.4.1. Систематическое положение видаHaematococcuslacustrisКаротиногеннаямикроводоросльHaematococcuslacustris(Girod-Chantrans)Rostafinskiбыла впервые описана в 1875 году...

Оглавление диссертациикандидат наук Кублановская Анна Андреевна
ВВЕДЕНИЕ
1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ
1.1. Оксигенные фототрофные микроорганизмы - центры формирования природных микробных сообществ
1.1.1. Цианобактерии - оксигенные фототрофные прокариоты
1.1.2. Микроводоросли - эдификаторы микробных сообществ
1.1.2.1. Взаимоотношения между микроводорослями и бактериями в сообществах
1.2. Формирование биопленок как стратегия выживания микроорганизмов в природе
1.2.1. Этапы формирования биопленки
1.2.2. Общая характеристика природных микробных биопленок
1.2.3. Микробные сообщества экстремальных местообитаний
1.2.3.1. Специфика микробных биопленок зоны супралиторали морей высоких
широт
1.3. Современные подходы к изучению сообществ микроорганизмов
1.3.1 Особенности изучения сообществ
1.3.1.1. Микробиологические методы
1.3.1.2. Методы спектрофотометрии и спектроскопии
1.3.1.3. Методы световой и электронной микроскопии
1.3.1.4. Молекулярно-генетические методы
1.3.2. Смена подхода к изучению микроорганизмов
1.3.3. Полифазный подход в описании новых видов и систематике микроорганизмов
1.3.4. Высокопроизводительное секвенирование. Методы метагеномики
1.3.4.1. Пиросеквенирование (Roche, 454 Life Science)
1.3.4.2. Секвенирование синтезом (Illumina)
1.3.4.3. Биоинформатический анализ метагеномных данных (программы)
1.3.4.4. Референсные базы данных
1.3.4.5. Анализ а- и ß-разнообразия микробных сообществ
1.3.4.6. Визуализация результатов анализа
1.3.5. Биотехнологическое применение альго-бактериальных ассоциаций
1.4. Особенности микроводоросли Haematococcus lacustris (Girod-Chantrans) Rostafinski
1.4.1. Систематическое положение вида H. lacustris
1.4.2. Особенности морфологии микроводоросли H. lacustris
1.4.3. Жизненный цикл H. lacustris
1.4.4. Особенности таксономической идентификации видов микроводорослей рода Haematococcus
1.4.5. Экология, распространение, применение в биотехнологии
2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ
2.1. Материалы исследования
2.1.1. Природные образцы
2.1.2. Биомасса лабораторных альгологически изолятов H. lacustris
2.2. Методы микроскопии
2.2.1. Светлопольная и флуоресцентная микроскопия
2.2.2. Сканирующая электронная микроскопия
2.2.3. Трансмиссионная электронная микроскопия
2.2.3.1. Электронная цитохимия (методика с рутениевым красным)
2.3. Определение жизнеспособности клеток каротиногенной микроводоросли в составе сухих биопленок
2.4. Микробиологические методы
2.4.1. Получение альгологически чистых культур микроводоросли H. lacustris
2.4.2. Получение чистых культур бактерий
2.5. Молекулярно-генетические методы
2.5.1. Выделение ДНК из природных образцов, подготовка библиотек и метагеномный анализ
2.5.2. Генотипирование чистых культур бактерий
2.5.3. Генотипирование полученных изолятов H. lacustris. Филогенетический анализ
2.6. Предсказание вторичных структур ITS
2.7. Биоинформатический анализ метагеномных данных
2.7.1. Таксономический анализ цианобактериального компонента
2.7.2. Таксономический анализ эукариотического компонента сообществ
3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ
3.1. Макро- и микроморфологические особенности сообществ
3.2. Биопленки как стратегия выживания микроводоросли H. lacustris в стрессовых условиях
3.3. Альгологически чистые культуры микроводоросли H. lacustris и их идентификация
3.4. Анализ цианобактериального компонента сообществ
3.4.1. Морфологический анализ
3.4.2. Метагеномный анализ
3.4.3. Установление таксономической принадлежности доминирующих в пробах цианобактерий
3.4.4. Причины расхождения результатов, полученных с помощью двух подходов к обработке метагеномных данных
3.4.5. Трудности изучения цианобактериального компонента микробных сообществ
3.5. Метагеномный анализ гетеротрофного прокариотического компонента сообществ
3.5.1. Обилие бактериальных таксономических групп в изученных образцах (а-разнообразие)
3.5.2. Анализ таксономической структуры природных сообществ
3.5.3. Р-разнообразие (сравнение сообществ между собой)
3.5.4. Возможные метаболические связи внутри сообществ
3.6. Метагеномный анализ лабораторных культур H. lacustris, сравнение с природными образцами
3.7. Выделение и идентификация штаммов бактерий, полученных из природных образцов
3.8. Сравнение результатов микробиологического и метагеномного анализов образца К и полученной из него альгологически чистой культуры H. lacustris
3.9. Анализ состава эукариот на основе библиотеки ампликонов 16S рРНК
3.9.1. Анализ пластидной ДНК
3.9.2. Анализ гетеротрофных эукариотических организмов природных сообществ
4. ЗАКЛЮЧЕНИЕ
5. ВЫВОДЫ
7. СЛОВАРЬ ТЕРМИНОВ
8. СПИСОК ЛИТЕРАТУРЫ
9. ПРИЛОЖЕНИЕ А
10. ПРИЛОЖЕНИЕ Б