Разработка и применение гибридизационных и ПЦР технологий для молекулярного анализа геномов микроорганизмов Щербо, Сергей Николаевич

Краткое описание

Щербо,СергейНиколаевич.РазработкаиприменениегибридизационныхиПЦРтехнологийдлямолекулярногоанализагеномовмикроорганизмов: диссертация ... доктора биологических наук : 03.00.15. - Москва, 2005. - 395 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
ЩербоСергейНиколаевичРазработкаиприменениегибридизационныхи ПНРтехнологийдлямолекулярногоанализагеномовмикроорганизмов03.00.15 - Генетика

стр. 11
принципымолекулярнойбиологии: существование комплементарных взаимодействий между молекулами НК создают основудляразработкигибридизационныхиПЦР-технологий(в том числе множественного ГА и мультипраймернойПЦР)длямолекулярногоВыяснение необходимо, закономерностей какдлягеномнойанализагеномов(МАГ).микроорганизмоворганизации понимания природы и течения инфекционных процессов, так и создания...

стр. 16
в множественного нерадиоизотопногоанализаи мультипраймернойПЦРдлямолекулярногоанализагеномовмикроорганизмов. 4. Внедрение оптимальных схемприменениямолекулярно-генетических методов на основе сравнительной оценки эффективности нерадиоизотопногогибридизационногоанализа,ПЦРи других методов

Оглавление диссертациидоктор биологических наук Щербо, Сергей Николаевич
Список сокращений.
ВВЕДЕНИЕ.
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ.
1.1. Методы гибридизационного анализа нуклеиновых кислот.
1.2. Способы модификации ДНК различными гаптенами для проведения нерадиоизотопного гибридизационного анализа нуклеиновых кислот.
1.2.1 ДНК-зонды меченные биотином и дигоксигенином.
1.2.2. Фотомодифицирующие реагенты в гибридизационном анализе нуклеиновых кислот.
1.2.3. Люминесцентные метки для введения в нуклеиновые кислоты.
1.3. Применение нерадиоиозтопного гибридизационного анализа для обнаружения и идентификации патогенных микроорганизмов и вирусов.
1.4. Способы пробоподготовки и условия проведения ПЦР реакции.
1.4.1. Пробоподготовка.
1.4.2. Оптимизация условий проведения ПЦР-реакции.
1.4.3. Подбор праймеров.
1.4.4.Термостабильная полимераза, дезоксинуклеотидтрифосфаты, компоненты ПЦР буфера.
1.5. Разработка наборов реагентов для молекулярного анализа
Щ генома методом ПЦР.
1.5.1. Хламидия трахоматис.
1.5.2. Микоплазма гоминис и микоплазма гениталиум.
1.5.3. Уреаплазма уреалитикум.
1.5.4. Одновременное выявление некоторых микроорганизмов и вирусов методом ПЦР с использованием мультипраймерных наборов реагентов.
1.6. Возможности метода ПЦР и других диагностических подходов к анализу клиниических образцов.
1.6.1. Анализ герпесвирусов.
1.6.2. Гарднерелла вагиналис.
1.6.3 Трихомонада вагиналис.
1.6.4 Грибы рода кандида и трихофитон.
1.7. Разнообразие методов и актуальность унификации подходов молекулярного анализа геномов.
Глава 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.
2.1. Методы нерадиоизотопного гибридизационного анализа
2.2. Метод полимеразной цепной реакции. 128 2.2.1. Пробоподготовка клинических образцов. 128 2.2.1.1. Лизис клинических образцов.
2.2.1.2. Ускореная пробоподготовка.
2.2.1.3. Муколитический реагент.
2.2.1.4. Культивирование и выделение грибов.
2.2.2. Получение положительных контрольных образцов для набора реагентов для выявления кандида альбиканс.
2.2.3. Определение нуклеотидных последовательностей ПЦР-проду-ктов, полученных на клинических образцах М. genitalium, Т. vaginalis.
2.2.4. Инструкция по применению набора реагентов для обнаружения ДНК микроорганизмов, вирусов и грибов методом ПНР. 140 2.3. Клинико-лабораторные методы обследования на присутствие
G. vaginalis и Lactobacillus spp.
Глава 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.
3.1. Разработка и оптимизация способов модификации ДНК биотином, производными платины, красителями, для проведения множественного гибридизационного анализа нуклеиновых кислот. 149 3.1.1 Модификация ДНК дигидразидом янтарной кислоты для получения гибридизационных зондов.
3.1.2. Получение полимерного фотобиотинилирующего реагента (фотобиотина) и его использование в гибридизационном анализе нуклеиновых кислот.
3.1.3. Модификация ДНК комплексными соединениями платины для получения гибридизационных зондов.
3.1.3.1 .ТДДП-новая метка для ДНК-зондов.
3.1.3.2,ЦДДП и диенП - новые гаптены в нерадиоизотопном гибридизационном анализе нуклеиновых кислот.
3.1.4. Множественный гибридизационный анализ с одновременным использованием нескольких ДНК-зондов, несущих различные нерадиоизотопные метки.
3.1.5. Разработка эффективных и чувствительных методов детекции нерадиоизотопных гибридизационных ДНК-зондов с использованием коллоидных частиц и полимерных маркеров.
3.1.6. Оптимизация свойств полиакролеиновых латексов для гибридизационного анализа.
3.1.6.1. Получение окрашенных полиакролеиновых латексов для нерадиоизотопного гибридизационного анализа.
3.1.6.2. Оптимизация спектрально-люминесцентных характеристик окрашенных полиакролеиновых латексов.
3.1.6.3. Получение конъюгата полиакролеиновых латексов со стрептавидином.
3.1.6.4. Выбор биотинилированных полинуклеотидных зондов для латексного гибридизационного анализа.
3.1.7. Нерадиоизотопный гибридизационный анализ нуклеиновых кислот с использованием окрашенных латексов. 201 Выводы раздела 3.1. 210 3.2. Разработка и совершенствование способов пробоподготовки, условий проведения ПЦР и мультипраймерной ПЦР,
3.2.1. Пробоподготовка.
3.2.1.1. Лизис клинических образцов и ускоренная пробоподготовка.
3.2.1.2. Лиофилизованный набор для пробоподготовки.
3.2.1.3. Пробоподготовка при работе с мокротой
3.2.1.4. Разработка системы внутреннего контроля для оценки возможности ингибирования полимеразной цепной реакции.
3.2.2. Разработка на основе анализа геномов наборов реагентов для выявления возбудителей некоторых инфекций передаваемых половым путем.
3.2.2.1 .Хламидия трахоматис.
3.2.2.2. Микоплазма гоминис и микоплазма гениталиум.
3.2.2.3. Уреаплазма уреалитикум.
3.2.3. Особенности подбора оптимальных условий для мультипраймерной ПЦР.
3.2.4. Разработка на основе анализа геномов мультипраймерных наборов реагентов для анализа некоторых урогенитальных инфекций.
3.2.4.1. Типирование вируса папилломы человека.
3.2.4.2. Герпесвирусы.
3.2.4.3. Хламидия трахоматис,микоплазмы и уреаплазмы. 252 Выводы раздела 3.2.
3.3. Сравнительное изучение метода ПЦР и других диагностических подходов к анализу различных биологических образцов.
3.3.1. Оценка и сравнение эффективности методов гибридизационного и ПЦР-анализа для выявления в клинических образцах некоторых возбудителей ИППП.
3.3.2. Молекулярный анализ геномов некоторых герпесвирусов.
3.3.2.1. Вирус простого герпеса.
3.3.2.2.Цитомегаловирус.
3.3.3. Разработка оптимальных схем применения молекулярно-генетических методов в клинической лабораторной диагностике.
3.3.3.1. Гарднерелла вагиналис, лактобациллы.
3.3.3.2. Трихомонас вагиналис.
3.3.4. Разработка на основе анализа геномов наборов реагентов для анализа ДНК некоторых видов грибов методом ПЦР.
3.3.4.1. Кандида альбиканс.