Разработка подходов к направленному воздействию на нуклеиновые кислоты с помощью тандемных систем производных олигонуклеотидов Гайдамаков, Сергей Алексеевич

Краткое описание

Гайдамаков,СергейАлексеевич.Разработкаподходовкнаправленномувоздействиюнануклеиновыекислотыспомощьютандемныхсистемпроизводныхолигонуклеотидов: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.04. - Новосибирск, 1999. - 116 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
РОССИЙСКАЯ АКАДЕМИЯ НАУК СИБИРСКОЕ ОТДЕЛЕНИЕ НОВОСИБИРСКИЙ ИНСТИТУТ БИООРГАНИЧЕСКОЙ ХИМИИ На правах рукописиГАЙДАМАКОВСЕРГЕЙАЛЕКСЕЕВИЧРАЗРАБОТ1САПОДХОДОВКНАПРАВЛЕННОМУВОЗДЕЙСТВИЮНАНУКЛЕИНОВЫЕКИСЛОТЫСПОМОЩЬЮТАНДЕМНЫХСИСТЕМПРОИЗВОДНЫХОЛИГОНУКЛЕОТИДОВ03.00.04.-биохимия Диссертация на соискание

стр. 4
м ы х свкоащений ПААГ НК РНК ДНК оцдцОл1 Ол2 ОлЗ Ол4 ОлЗ Олб М1 М2 мз М4 М5 Мб М7 М8 81 82 83 К1 К2 ьз полиакриламидный гельнуклеиновыекислотырибонуклеиноваякислотадезоксирибонуклеиноваякислотаодноцепочечная двухцепочечнаяолигонуклеотид3 ' ТАОАААТТОАролигонуклеотид3 ' АСАААТТОАСролигонуклеотид3 ' рТАСТТСААЙА.олигонуклеотид3 ' рСТСТАТТАССТАвбТТСТолигонуклеотид3 ' СТСТАТТАСр...

стр. 5
является важной задачей при совершенствовании адресованных реагентов. Введете б Целью данной работы являетсяразработкановыхподходовдлянаправленноговоздействиянануклеиновыекислоты, а именно: а)разработкаметода длянаправленнойхимической модификации протяженньк участков определенныхнуклеиновыхкислот. Созданиесистемыреакционно способныхпроизводныхна основеолигонуклеотидов, получаемых...

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Гайдамаков, Сергей Алексеевич
Содержание
Содержание
Список сокращений
Введение
Гдава 1. Применение олигонуклеотидов и их реакционноспособных производных для изучения и регуляции экспрессии генов (обзор литературы)
1.1. «Антисенс»-стратегия: воздействие на мРНК с использованием антисмысловых олигонуклеотидов и их производных
1.2. «Антиген»-стратегия: использование олигонуклеотидных производных для воздействия на регуляторные элементы или факторы транскрипции
1.3. Фотореакционноспособные олигонуклеотидные производные как инструмент для направленного воздействия на нуклеиновые кислоты
1.4. Олигонуклеотидные производные, содержащие псорален
1.5. Взаимодействие фотоактивируемых производных олигонуклеотидов с регуляторными районами генов
1.6. Взаимодействие фотоактивируемых производных олигонуклеотидов с факторами транскрипции
1.7. Использование фотореакционноспособных производных олигонуклеотидов для направленного мутагенеза
1.8. Использование фотореакционноспособных производных олигонуклеотидов для воздействия на ДНК в составе хромосом
1.9. Олигонуклеотидные производные, содержащие интеркалирующие красители
1.10. Олигонуклеотидные производные, содержащие азиды и перфторированные азиды, использование эффекторов для повышения степени модификации
1.11. Взаимодействие олигонуклеотидов и их реакционноспособных производных с нуклеиновыми кислотами - мишенями в составе тандемных комплексов
1.12. Безизлучательная передача энергии между флуорофорами, присоединенными к олигонуклеотидам
Глава 2. Материалы и методы
2.1. Ферменты
2.2. Реактивы
2.3. Плазмиды, бактериофаги и штаммы микроорганизмов
2.4. Олигонуклеотиды
2.5. Субклонирование фрагментов ДНК
2.6. Выделение бактериофагов и их одноцепочечной ДНК
2.7. Выделение ДНК плазмид и RF-формы бактериофага М13 из клеток E.coli методом осветленного лизата с последующим центрифугированием в двухступенчатом градиенте хлористого цезия
2.8. Приготовление препаратов плазмидной ДНК с разной степенью суперспирализации
2.9. Метод геномного секвенирования
2.10. Получение алкилирующих производных смеси олигонуклеотидов
2.11. Алкилирование ДНК адресованными реагентами
2.12. Получение фотоактивируемых реакционноспособных производных олигонуклеотидов Ол2Я2 и ОлЗЮ
2.13. Выделение олигонуклеотидных производных методом ВЭЖХ
2.14. Синтез пиреновых производных олигонуклеотидов Ол181 и Ол281
2.15. Синтез бензантраценового производного олигонуклеотида Ол2Б2
2.16. Синтез периленового производного олигонуклеотида Ол2БЗ
2.17. Определение Smax производных олигонуклеотидов
2.18. Гашение флуоресценции бензантраценовых производных
2.19. Введение радиоактивной метки в олигонуклеотиды
2.20. Получение фрагментов одноцепочечной ДНК
2.21. Фотомодификация нуклеиновых кислот
2.22. Электрофоретический анализ продуктов модификации, авторадиография и денситометрия
2.23. Определение степени и позиционной направленности модификации ДНК-мишени
2.24. Определение каталитических свойств фотосенсибилизатора
Глава 3. Результаты и обсуждение
3.1. Многокомпонентные системы алкилирующих реагентов на основе олигонуклеотидов, полученных контролируемой фрагментацией полинуклеотидов
3.2. Комплементарно-адресованная модификация дц-ДНК плазмид. Влияние степени суперспирализации на эффективность адресованной модификации
3.2.1. Направленная модификация суперспирализованной ДНК плазмиды риС19-С2 алкилирующими производными олигонуклеотидов, полученных фрагментацией полинуклеотидов
3.2.2. Сайт-специфичная модификация суперспирализованных ДНК плазмид р160, р163 алкилирующими производными синтетических олигонуклеотидов
3.3. Бинарные системы олигонуклеотидных конъюгатов для высокоспецифичной фотомодификации нуклеиновых кислот
3.3.1. Принцип действия бинарных систем для направленной фотомодификации нуклеиновых кислот
3.3.2. Сенсибилизированная фотомодификация олигонуклеотидной матрицы М1. Пиреновое производное олигонуклеотида в качестве сенсибилизатора
3.3.3. Позиционная направленность фотомодификации
3.3.4. Использование бензантрацена в качестве сенсибилизатора
3.3.5. Температурная зависимость эффективности фотомодификации
3.3.6. Каталитические свойства бинарной системы, определение числа оборотов фотосенсибилизатора
3.3.7. Использование перилена в качестве фотосенсибилизатора
3.3.8. Сенсибилизированная фотомодификация оц-ДНК бактериофага М13Ьтг4
3.3.9. Сравнение селективности действия бинарных систем и реагентов для прямой
модификации НК
3.3.9. Применение системы бинарных реагентов для выявления и характеризации белков, специфически взаимодействующих с регуляторным районом гена СУР102
Выводы
Список использованной литературы
Примечания