Роль внеклеточной ДНК и липидов матрикса во взаимодействии бактерий биопленок с антибиотиками Тец, Георгий Викторович

Краткое описание

Тец,ГеоргийВикторович.РольвнеклеточнойДНКилипидовматриксавовзаимодействиибактерийбиопленоксантибиотиками: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.07. - 163 с.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
ПО ЗДРАВООХРАНЕНИЮ И СОЦИАЛЬНОМУ РАЗВИТИЮ п,пг,«„ •04.200.7 2 2 9 7 4 - На Правах рукописи 'ТецГеоргийВ и к т о р о в и ч ^ ^ " - ^ ^ ] ^ ^ ? ^ ^ ^ ^РОЛЬВНЕКЛЕТОЧНОЙДНКИЛИПИДОВМАТРИКСАВОВЗАИМОДЕЙСТВИИБАКТЕРИЙБИОПЛЕНОКСАНТИБИО­ ТИКАМИ03.00.07. - микробиология Диссертация на соискание ученой

стр. 4
51 53 .....55 55 3.1 Свойства использованных штаммов и характеристика ..57 5 3.3 Выбор метода выделениявнеклеточнойДНКизматрикса3.4 СравнениевнеклеточнойДНК, полученной из различных типов микробных сообществ 3.5 Выявление фрагментовДНКвнутрибактерийбиопленок3.6 Атомно-силовая микроскопия фрагментовДНКбактериальногоматрикса3.7 Выявление признаков хромосомнойДНКвовнеклеточномматриксе...

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Тец, Георгий Викторович
Список сокращений.
Введение.
Глава 1 Микробные сообщества. Обзор проблемы.
1.1 Микробные сообщества.
1.1.1 Биопленки.
1.1.2 Колонии.
1.1.3 Газон.
1.1.4 Колониеподобные сообщества.
1.1.5 Смешанные микробные сообщества.
1.1.6 Смешанный газон.
1.2 Регуляция свойств бактериальных биопленок.
1.3 Взаимодействие микробных сообществ с факторами окружающей среды.
1.4 Внеклеточная ДНК.
Глава 2 Материалы и методы.
2.1 Микроорганизмы.
2.2 Питательные среды.
2.3 Антибиотики.
2.4 Ферментные препараты.
2.5 Методы.
2.5.1 Получение моно-, ди-и олигонуклеотидов.
2.5.2 Определение жизнеспособности бактерий.
2.5.3 Определение минимальной подавляющей концентрации антибиотиков
2.5.4 Получение бактериальных биопленок в стеклянных флаконах.
2.5.5 Получение бактериальных биопленок в чашках
Петри.
2.5.6 Получение бактериальных биопленок в пластиковых планшетах.
2.5.7 Получение внеклеточного матрикса бактериальных сообществ.
2.5.8 Выявление мутантов устойчивых к антибиотикам.
2.5.9 Выявление передачи генов антибиотикоустойчивости.
2.5.10 Выживание антибиотикоустойчивых клонов в присутствии ДНКазы.
2.5.11 Методы выделения нуклеиновых кислот.
2.5.12 Электрофорез в агарозном геле.
2.5.13 Выделение ДНК из бактериальных клеток.
2.5.14 Извлечение ДНК из агарозного геля.
2.5.15 Измерение оптической плотности матрикса.
2.5.16 Оценка появления ДНК в матриксе и целостности клеточных мембран.
2.5.17 Электронная микроскопия.
2.5.18 Выявление генов кодирующих 16S рибосомальную
РНК в межклеточном матриксе.
2.5.19 Изучение липидного состава бактериальных сообществ.
2.5.20 Статистические методы.
Глава 3 Результаты собственных исследований.
3.1 Свойства использованных штаммов и характеристика биопленок.
3.2 Определение липидного состава матрикса микробных сообществ.
3.3 Выбор метода выделения внеклеточной ДНК из матрикса.
3.4 Сравнение внеклеточной ДНК, полученной из различных типов микробных сообществ.
3.5 Выявление фрагментов ДНК внутри бактерий биопленок.
3.6 Атомно-силовая микроскопия фрагментов ДНК бактериального матрикса.
3.7 Выявление признаков хромосомной ДНК во внеклеточном матриксе биопленок.
3.8 Оценка появления внеклеточной ДНК матрикса микробных сообществ на различных этапах роста.
3.9 Влияния экзогенных ДНКаз на внеклеточную ДНК бактериальных сообществ.
3.9.1 Влияния экзогенных ДНКаз на внеклеточную ДНК на стадии формирования биопленки.
3.9.2 Влияния олиго- моно- и динуклеотидов на формирование биопленки.
3.9.3 Формирование микробных сообществ в присутствии ДНКазы.
3.9.4 Оценка действия ДНКазы на сформированные бактериальные сообщества.
3.9.5 Оценка эффективности действия ДНКазы на различных этапах формирования биопленки.—
3.9.6 Оценка возможной роли внеклеточной ДНК в формировании и поддержании жизнедеятельности микробных сообществ.
3.9.7 Действие ДНКазы на образование отдельных компонентов бактериальной биопленки.
3.9.8 Влияние ДНКазы на частоту выявления в биопленках мутантов антибиотикоустойчивости.
3.9.9 Влияние ДНКазы на передачу между бактериями в биопленках генов устойчивости к антибиотикам.
3.9.10 Сохранение признака антибиотико-устойчивости при культивировании бактерий в присутствии ДНКазы.
3.10 Действие на бактерии биопленок антибиотиков, способных проникать в клетки эукариот.
3.10.1 Определение МПК азитромицина и левофлоксацина.
3.10.2 Влияние левофлоксацина и азитромицина на формирование биопленок.
3.10.3 Влияние левофлоксацина и азитромицина на сформированные биопленки.
3.11 Совместное действие ферментов и антибиотиков на бактерии.
3.11.1 Совместное действие на биопленки ДНКазы и антибиотиков.
3.11.2 Совместное действие антибиотиков и ферментов на бактерии в условиях планктонного роста.
3.11.3 Совместное действие антибиотиков и ферментов на бактерии при формировании биопленок.
3.11.4 Совместное действие антибиотиков и ДНКазы на бактерии сформированных биопленок.
3.11.5 Действие ДНКазы и антибиотиков на бактерии биопленок различного возраста.
3.11.6 Восстановление биопленки, после действия
ДНКазы и антибиотиков.