Структурно-функциональные исследования активного центра бактериальной РНК-полимеразы Зоров, Савва Дмитриевич

Краткое описание

Зоров,СавваДмитриевич.Структурно-функциональныеисследованияактивногоцентрабактериальнойРНК-полимеразы: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.04. - Москва, 2005. - 142 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
ei-.oS-b/ iOi^ Ha правах рукописиЗоровСавваДмитриевичСтруктурно-функциональныеисследованияактивногоцентрабактериальнойРНК-полимеразы. (03.00.04

стр. 2
Транскрипционном цикле 1.2. 1.3.СтруктурныеособенностиРНК-полимеразыСтруктурно-функциональнаямодельактивногоцентраРНК-полимеразы1.3.1. Двуметаплический механизм

стр. 8
работы и задачиисследования. Целью настоящей работы было изучениеструктурно-функциональнойорганизацииактивногоцентрабактериальнойРНКП. В задачи данногоисследованиявходило: 1. Изучить механизм ингибированияРНК-полимеразыантибиотиком стрептолидигином, действующим на уровнеактивногоцентра.

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Зоров, Савва Дмитриевич
СПИСОК ИСПОЛЬЗУЕМЫХ СОКРАЩЕНИЙ.стр.
ВВЕДЕНИЕ.стр.
Актуальность проблемы.стр.
Цель работы и задачи исследования.стр.
Научная новизна.стр.
Практическое значение работы.стр.
Глава 1. ОБЗОР ЛИТЕРАТУРЫ . стр.
1.1. Общие сведения о РНК-полимеразе и
Транскрипционном цикле.стр.
1.2. Структурные особенности РНК-полимеразы.стр.
1.3. Структурно-функциональная модель активного центра РНК-полимеразы.стр.
1.3.1. Двуметаллический механизм катализа.стр.
1.3.2. Механизм катализа многосубъединичной РНКП.стр.
1.3.3. Характеристика реакции 3'-5'-экзонуклеазного расщепления.стр.
1.3.4. Влияние мутационных замен в (З-субъединице РНКП
Е. coli на 3'-5'-экзонуклеазную активность.стр.
1.3.5. Молекулярное моделирование активного центра РНКП Е. Coli.стр.
1.4. Ингибиторы РНК-полимеразы. Антибиотики.стр.
1.4.1. Рифампицин.стр.
1.4.2. Тагетитоксин.стр.
1.4.3. Альфа-аманитин.стр.
1.4.4. Специфичность действия аманитина и тагетитоксина.стр.
1.4.5. Стрептолидигин.стр.
1.4.6. Липиармицин.стр.
1.4.7. Микроцин J25.стр.
1.4.8. Ингибиторы серии CBR703.стр.
1.4.9. Дауномицин и марселломицин.стр.
ГЛАВА 2. МАТЕРИАЛЫ И МЕТОДЫ.стр.
2.1. Бактериальные штаммы и плазмиды.стр.
2.2. Полимеразы.стр.
2.3. Приготовление РНК-полимеразы из клеток.стр.
2.3.1. Выделение РНК-полимеразы E.coli.стр.
2.3.2. Выделение РНК-полимеразы Thermus aquaticus.стр.
2.4. Бактериальные среды.стр.
2.5. Электрофорез.стр.
2.6. Полимеразная цепная реакция (ПЦР).стр.
2.7. Метод Ре2+-индуцированного расщепления белка.стр.
2.8. Радиоактивное мечение олигонуклеотидов.стр.
2.9. Транскрипция с Т7А1 промотора, абортивный синтез.стр.
2.10. Транскрипция на искуственных транскрипционных комплексах (нуклеиновокислотных скаффолдах).стр.
2.11. Эндонуклеотическое и экзонуклеотическое расщепление, пирофосфоролиз.стр.
2.12. Измерение быстрых кинетик реакции элонгации.стр.
2.13. Определение скоростей реакций (Kobs ,Vmax) и константы Михаэлиса (Km).стр.
ГЛАВА 3. РЕЗУЛЬТАТЫ И ОБСУЖДЕНИЕ.стр.
3.1. Исследование механизма ингибирования бактериальной РНК-полимеразы антибиотиком стрептолидигином.стр.
3.1.1. Стрептолидигин ингибирует присоединение нуклеотида, разделяя злонгационноые комплексы на медленную и быструю фракции.стр.
3.1.2. Характеристика фракций элонгационных комплексов, образующихся в присутствии стрептолидигина.стр.
3.1.3. Стрептолидигин ингибирует внутреннее расщепление РНК, при этом также разделяя комплексы на медленную и быструю фракции.стр.
3.1.4. Присутствие стрептолидигина не изменяет значение
Км для входящего нуклеозидтрифосфата.стр.
3.1.5. Стрептолидигин замедляет некую стадию, предшедствующую синтезу фосфодиэфирной связи.стр.
3.1.6. Кристаллическая структура РНКП со связанным с ней стрептолидигином. Модель ингибирования РНКП стрептолидигином и функционирования активного центра РНКП.стр.
3.2. Изучение роли триады остатков аспарагиновой кислоты в двуметаллическом механизме катализа в активном центре РНК-полимеразы.стр.
3.2.1. Замены остатков Asp в активном центре РНКП делают невозможной промотор-зависимую транскрипцию.стр.
3.2.2. Замены каталитических остатков Asp влияют на связывание Ме2+ со свободной РНКП.стр.
3.2.3. Мутантные РНКП частично активны в элонгационном комплексе.стр.
3.2.4. Замены Asp лишь умеренно уменьшают кажущееся сродство каталитического центра к Ме2+ в транскрипционных комплексах.стр.
3.2.5. Расщепление транскрипта мутантными РНКП.стр.
ВЫВОДЫ.стр.