Хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназы Rhodococcus opacus 1CP: кинетические и структурные свойства Коломыцева, Марина Павловна

Краткое описание

Коломыцева,МаринаПавловна.Хлорпирокатехин1,2-диоксигеназыRhodococcusopacus1CP:кинетическиеиструктурныесвойства: диссертация ... кандидата биологических наук : 03.00.04. - Пущино, 2005. - 151 с. : ил.больше
Цитаты из текста:

стр. 1
61:06-3/484 АКАДНМИЯ НАУК ИНСТИТУТ БИОХИМИИ И ФИЗИОЛОГИИ МИКРООРГАНИЗМОВ ИМ Г.К. СКРЯБИНА На правах рукописиКОЛОМЫЦЕВАМАРИИА ИАВЛОВИА ХЛОРИИРОКАТЕХИН 1,2-ДИОКСИГЕНАЗЫRHODOCOCCUSOPACUSICP:КИНЕТИЧЕСКИЕИСТРУКТУРНЫЕСВОЙСТВАСпециальность 03.00.04 - биохимия ДИССЕРТАЦИЯ на соискание ученой степени

стр. 2
4-хлорпирокатехин1,2-диоксигеназа73 3.1.2. 3-хлорпирокатехин1,2-диоксигеназа73 3.2.Кинетическиесвойствахлорпирокатехин1,2-диоксигеназ75 3.2.1. Субстратная

стр. 5
тому или ипому субстрату каждый тип подразделяется на группы. К интрадиольпым диоксигепазам относятся протокатехат 3,4-диоксигеназы, пирокатехин 1,2-диоксигеназы,хлорпирокатехиночередь 1,2-диоксигеназыи гидроксигидрохинон 1,2-диоксигеназы. В своюдиоксигеназыделятся на нирокатехин 2,3-диоксигеназы, экстрадиольные протокатехат 2,3-диоксигеназы, гомопротокатехат 2,3-дноксигеназы, протокатехат 4,5диоксигеназы и 2,3-дигидроксибифенил...

Оглавление диссертациикандидат биологических наук Коломыцева, Марина Павловна
Список сокращений.
Введение.
Обзор литературы.
Глава 1. Структурно-функциональные аспекты иитрадиольного расщепления ароматического кольца - ключевой реакции микробной деградации ароматических соединений.
1.1. Метаболические пути деградации ароматических соединений, ведущие к образованию ключевых иптермедиатов.
1.2. Пути разложения ключевых интермедиатов.
1.3. Генетические, физико-химические и структурные аспекты интрадиольных диоксигеназ.
1.3.1. Степень идентичности аминокислотных последовательностей.
1.3.2. Физико-химические свойства.
1.3.3. Структурные свойства.
1.3.3.1. Физические свойства кристаллов.
1.3.3.2. Архитектура молекул.
1.3.3.3. Координационная сфера Fe3+ активного центра.
1.3.3.4. Механизмы связывания и расщепления субстрата.
1.3.3.5. Взаимосвязь кинетических параметров и структуры ферментов. Характер взаимодействия субстратов и их аналогов с активным центром.
Экспериментальная часть
Глава 2. Материалы и методы исследования.
2.1. Штамм, использованный в работе.
2.2. Культивирование штамма.
2.2.1. Состав сред.
2.2.2. Приготовление субстратов.
2.2.3. Проведение ферментаций и получение биомассы.
2.3. Выделение ферментов.
2.3.1. Получение бесклеточных экстрактов и определение концентрации белка.
2.3.2. Определение активности ферментов.
2.3.3. Очистка 4-хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназы.
2.3.4. Очистка 3-хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназы.
2.4. Определение кинетических характеристик ферментов.
2.5. Кристаллизация ферментов.
2.6. Рентгепоструктурный анализ.
2.6.1. Предварительный рентгеноструктурный анализ кристаллов ферментов.
2.6.2. Рентгеноструктурный анализ, проводимый для разрешения трехмерной структуры ферментов.
2.7. Методы структурного анализа.
2.7.1. Структурный анализ белковых молекул.
2.7.2. Структурный анализ молекул субстрата и его аналогов.
Глава 3. Результаты.
3.1. Очистка ферментов.
3.1.1. 4-хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназа.
3.1.2. 3-хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназа.
3.2. Кинетические свойства хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназ.
3.2.1. Субстратная специфичность ферментов.
3.2.2. Ингибирование ферментов фенолом, его замещенными производными и бензоатом.
3.2.3. Структурные свойства субстратов и их аналогов.
3.2.4. Связь функционирования хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназ с структурой субстратов и их аналогов.
3.2.4.1. Связывание замещенных фенолов ферментами.
3.2.4.2. Связывание замещенных пирокатехинов и его аналогов ферментами.
3.2.4.3. Катализ замещенных субстратных аналогов.
3.2.4.4. Избирательность хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназ в отношении заместителя в положении СЗ-С4 бензольного кольца субстрата.
3.4. Кристаллизация ферментов.
3.4.1. Получение кристаллов 4-хлорпирокатехин 1,2-диоксигепазы.
3.4.2. Получение кристаллов 3-хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназы.
3.5. Трехмерная структура молекул хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназ, связь структуры и функции.
3.5.1. Общая структура молекул.
3.5.2. Молекулярная поверхность входа в активный центр хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназ в сравнении с подобными структурами интрадиольных диоксигеназ известной структуры.
3.5.3. Координационная сфера железа хлорпирокатехин 1,2диоксигеназ.
3.5.4. Форма и структура активных центров хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназ.
3.5.5. Сравнительный анализ структуры активного центра 4-хлорпирокатехин 1,2-диоксигеназы с структурами активных центров известных интрадиольных диоксигеназ.
3.5.5.1. Структуры активных центров, соответствующие С4-атому бензольного кольца субстрата или субстратного аналога.
3.5.5.2. Структуры активных центров, соответствующие СЗ-атому бензольного кольца субстрата или субстратного аналога.
3.5.5.3. Структуры активных центров, соответствующие Сб-атому бензольного кольца субстрата или субстратного аналога.
Обсуждение результатов.
Выводы.